システム運用エンジニアの主な役割は、未然にトラブルを防ぐことです。トラブルが全く起きないシステムは、ほとんどありません。そのため、システム運用でトラブルになりそうな部分を、上手く対処していくことが重要です。たとえば、いつもと違うことが起きた場合、全体のシステムに影響は出なくても異常の原因を追及します。原因がわかれば、次回以降はトラブルを回避できるでしょう。小さいトラブルが重なって、大きなトラブルを引き起こすことも少なくありません。そう考えて小さなトラブルをチェックして、問題をクリアにしておくことが重要になってきます。このように、未然にトラブルを防ぐ方法として、運用を改善することも大事な役割の一つです。
システム運用エンジニアが実際に運用するため、改善点が見つかることも少なくありません。改善されないままでは、トラブルを増やす原因につながります。そこで、システム運用について、クライアントと交渉することも大切な役割と言えるでしょう。しかし、システム変更が大規模になると改修も必要になるため、あらかじめメリットやデメリットを提案しておくと良いです。また、運用方法の改善という意味では、マニュアルの変更なども含まれます。マニュアルがわかりにくかったり、現実と合っていなかったりする場合などは、変更しておかなければなりません。システムを運用するのは一人とは限らないため、誰でもわかるようにマニュアルを作っておくことは大切です。なお、独立して運用の仕事に携わりたい場合には、[フリーランスで運用のお仕事]というサイトの方が参考になると思います。